水利建设基金的计算方式为：水利建设基金=企业当期收入*税务局规定的征收比率，其中不同的地区税务局规定的征收比率是不同的。水利建设基金是指专门用来防洪、建设和维护河流、湖泊等水利工程的基金，是一种政府性基金，包括中央水利建设基金和地方水利建设基金两种，一般由国家税务机关代收。
水利建设基金免缴情况
1、生产经营者企业和个体工商户没有达到增值税起征点，报税时系统会在增值税的基础上计算税额，因此未达到增值税起征点的不用缴费；
2、水利建设基金的计算是以销售收入为基准的，免征增值税的销售收入不计入缴费基数；
3、某些固定的大工程项目可以不用缴纳，比如国防工程、防洪工程以及养老院、孤儿院的建设等；
4、驻湘的军工企业所生产的军工产品获得的销售收入也是不用缴费的。
5、一些其他的规定的免征情形。