买卖港股通的股票手续费主要需支付交易税费、结算及交收服务费用、存管和公司行为服务费用等税费以及证券公司收取的手续费即佣金。
1、交易税费是交联交所或由联交所代收，包含：
（1）印花税：双边，按成交金额的0.1%计收（取整到元，不足1元港币按1元计）；
（2）交易征费：双边，按成交金额的0.0027%计收，四舍五入至小数点后两位；
（3）交易费：双边0.005%（四舍五入至小数点后两位）；交易系统使用费：双边，每笔交易0.5元港币。
2、结算收费交香港结算，包含：结算及交收服务：股份交收费，双边，按成交金额的0.002%计收，每边最低及最高收费分别为2元港币及100元港币（四舍五入至小数点后两位）；存管及公司行为服务：证券组合费，根据持有港股的市值设定不同的费率。
沪港通是我国资本市场对外开放的重要内容，有利于加强两地资本市场联系，推动资本市场双向开放，具有多方面的积极意义：
(一)有利于通过一项全新的合作机制增强我国资本市场的综合实力。沪港通可以深化交流合作，扩大两地投资者的投资渠道，提升市场竞争力。
(二)有利于巩固上海和香港两个金融中心的地位。沪港通有助于提高上海及香港两地市场对国际投资者的吸引力，有利于改善上海市场的投资者结构，进一步推进上海国际金融中心建设；同时有利于香港发展成为内地投资者重要的境外投资市场，巩固和提升香港的国际金融中心地位。
(三)有利于推动人民币国际化，支持香港发展成为离岸人民币业务中心。沪港通既可方便内地投资者直接使用人民币投资香港市场，也可增加境外人民币资金的投资渠道，便利人民币在两地的有序流动。