1、法律法规不一样：国食健字根据的是2005年国家药品药监局施行的《保健食品注册管理办法（试行）》中第33条要求。国食健注根据的是2016年国家药品药监局施行的《保健食品注册与备案管理办法》中的第43条要求。
2、适用商品不一样：国食健字适用2005-2016年申请注册的保健产品。国食健注是2016后申请注册的保健产品。
3、格式不一样：国食健字格式为国食健字G 4位时代号 4位顺序号，和国食健字J 4位年代号 4位顺序号。国食健注格式为国食健注G 4位时代号 4位顺序号。
国食健字申请周期时间：
国食健字的申请注册周期时间就是指从公司法人明确提出申请注册、递交申请材料进行到获得保健品批准证书的時间。申请者开展商品研发、试品实验和申请材料的撰写的時间不包括在申请注册時间内。申请材料的审批审理期限为5个工作中日，实验和研发当场审查期限为15个工作中日，技术性评审和行政部门核查期限为80个工作中日。
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