成分区别：乳清蛋白一般是指将乳清直接烘干，得到的乳清粉末，其中的乳清蛋白极低，一般为百分之十几，不超过百分之三十。而分离乳清蛋白是在乳清蛋白的基础上经过进一步的工艺处理得到的高纯度乳清蛋白，纯度可达90%以上。
口感区别：乳清分离蛋白中几乎不含脂肪和乳糖，口味更清单一些，缺乏乳香味。而乳清浓缩蛋白，因为含有相对多的脂肪和乳糖，奶味和口味更好一些。
作用区别：分离乳清蛋白中含有大量的优质蛋白，可以为需要的人群提供所需优质蛋白，而乳清蛋白含有大量支键氨基酸，可以极为有效的补充肌肉所需的养份，同时低普林，是目前最适合增加肌肉成长和病患恢复健康的营养补充品。
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